1000 anni prima del gioco, la guerra dei Magi distrusse completamente il mondo, e la magia cessò di esistere. Gli Esper  (creature magiche dotate di poteri soprannaturali) spaventati dall'avidità degli umani decidono di creare una barriera e di isolarsi dal resto del mondo. Ora il pianeta è dominato da polvere da sparo, macchine a vapore, e sistemi elettrici. In altre parole, tecnologia. 

Nessuno conosce le arti magiche, ne tanto meno gli Esper, ora soltanto un favola da raccontare ai bambini. Ma qualcosa cambia. L'imperatore Gestahl trova una ragazza che possiede dei poteri magici, ed ordina al suo terribile generale, Kefka, di porla sotto il controllo dell'impero. Frattanto da Narshe arriva una notizia sconvolgente: un Esper è stato trovato intatto, mille anni dopo la dolorosa guerra. E solo l'impero è a conoscenza di questo. 

I Returners, un gruppo che si oppone all'impero, capeggiato da Banon, temono che Gestahl invochi di nuovo le arti magiche e metta tutti sotto il suo crudele giogo. Essi cercheranno di fermare l'avidità di potere del malvagio imperatore ad ogni costo alleandosi perfino con Terra (la ragazza dotata di poteri magici). 

Però Terra, non accettando i suoi poteri ed entrando alcune volte in conflitto con il suo "io", dovrà decidere se aiutare i coraggiosi Returners oppure lasciare tutto al caso e far scatenare una guerra tra uomini ed Esper. Chi è veramente la ragazza "magica"? Ce ne sono altre/i come lei?? Davvero il mondo è sul punto di ripetere un errore mortale?!?